从行业分类的角度来看，手续费的差异最为明显。根据中国银联的规定，超市、加油站、水电支付等民生行业的手续费最低，通常在0.38%至0.48%之间。这类行业交易频繁，但单笔金额较低，设定较低的利率有助于减轻企业的负担。零售、餐饮和服装等一般行业的税率处于中等水平，通常在0.6%至0.65%之间，这是目前覆盖范围最广的税率范围。珠宝、房地产和批发等高收入行业的收费相对较高，通常在0.78%至1.25%之间。一些大额交易也可能有单笔交易费上限（如房地产行业的单笔交易费用上限为20元）。
卡的类型是影响交易费用的另一个重要因素。当使用借记卡刷卡时，交易费用通常有“费率+单笔交易上限”的双重限制，例如0.5%的费率加上20元的上限，这意味着当交易金额超过4000元时，交易费将收取20元。信用卡刷卡没有上限，按比例全额收费。在同一行业中，信用卡利率比借记卡高0.1%-0.2%。例如，在一般行业中，信用卡利率为0.6%，而借记卡利率为0.5%。此外，当外国卡（如VISA和万事达卡）在国内公司的POS机上刷卡时，手续费通常在1.2%至2.5%之间，不支持上限政策。
支付机构的结算政策也可能导致交易费用的差异。Lakala和银联商务等主流机构的费率相对透明和稳定，而小型第三方服务提供商可能会提供“费率折扣”来吸引客户，但重要的是要注意是否包括隐性费用（如设备服务费和数据费）。一些机构也可能根据企业的月度交易量调整利率。月交易额超过100万元的企业可以申请0.05%-0.1%的利率折扣。
对于特殊行业和交易类型，还有额外的规定。公益性行业（如学校、医院和慈善组织）可以申请零费率，卡交易不需要支付交易费，但必须提供相关资质证书。扫码支付（如微信和支付宝）的服务费通常低于扫卡，一般在0.38%至0.5%之间，无论是借记卡还是信用卡，这也是近年来扫码支付流行的重要原因之一。
企业在选择POS机服务时，需要综合考虑费率和服务质量。低费率可能伴随着交易稳定性差、收货延迟等问题，而合规机构的标准费率可能略高，但可以确保资金和售后支持的安全。此外，一些机构可能会收取年费或设备押金（通常为200-500元），这些费用需要与交易费分开核算，以避免被“低利率”的宣传所误导。
